Dans ce monde, les humains ne sont plus au sommet de la chaine alimentaire. Des créatures connues sous le nom de goules se nourissent de chair humaine.
L'histoire suit celle de ken Kaneki, banal étudiant de littérature à l'université. Sa vie est normale jusqu'au jour où il croise la route de Rize Kimishiro, jeune femme d'une vingtaine d'années qui est une cliente régulière du café l'Antique où Kaneki a également ses habitudes et en tombe amoureux. Un jour, il a enfin l'occasion de lui adresser la parole en prenant, pour prétexte, un livre qu'elle lit et écrit par un de ses auteurs préférés. Ils ont un rendez-vous, tout va bien jusqu'au moment fatidique du premier baiser. Rize le mord sauvagement.

Car oui, si Rize a jeté son dévolu sur lui, ce n'est pas par amour mais pour se repaître de sa chair. Alors que tout semblait perdu, des poutres en métal situées sur le chantier en construction à côté tombent sur le couple. Tuant Rize sur le coup, Kaneki n'est "que" gravement blessé et doit subir une intervention chirurgicale.
Quelques temps plus tard, il s'avère que Kaneki est devenu un borgne artificiel, un hybride mi goule mi humain, du aux organes de Rize qu'il a reçu lors de l'opération destiné à le sauver.

Kaneki se rend compte, du même coup, qu'il ne peut plus consommer la même chose qu'auparavant - hormis le café - et trouve du soutient parmis le personnel de l'Antique, café où il avait ses habitudes et où il a rencontré Rize, qui s'avère composer essentiellement de goules qui lui apprennent comment se nourrir sans avoir à tuer. Kaneki fini par accepter et à s'adapter à sa nouvelle situation tout en reprenant une vie plus ou moins "normale".

Cependant, il se retrouve vite au coeur d'un conflit entre le CCG (Centre de Contrôle des Goules) déterminé à retrouver et exterminer les Goules ainsi que l'Arbre Aogiri, un groupuscule de goules sans merci.